As baleias-jubarte retornaram ao porto de Nova York em 2011 após uma ausência de cinquenta anos, atraídas pelas populações de menhaden que se recuperaram sob as proteções da Lei de Água Limpa.
A borda da plataforma continental fica a dezoito milhas da costa, onde as correntes frias do Labrador encontram a Corrente do Golfo e criam ressurgências de nutrientes que sustentam alimentadores de barbatanas de abril a dezembro. As baleias-comuns, a segunda maior espécie do planeta, agora aparecem à vista da ponte Verrazzano-Narrows durante as migrações de outono.
Os ingressos para observação de baleias em Nova York dão acesso a expedições em mar aberto que rastreiam padrões de movimento de cetáceos documentados pelo coletivo de pesquisa Gotham Whale desde 2010. Naturalistas a bordo dessas embarcações identificam os indivíduos por marcações nas caudas e entalhes na barbatana dorsal, contribuindo com dados de avistamento para o Catálogo de Baleias-Jubarte do Atlântico Norte mantido pela Allied Whale no College of the Atlantic. A revitalização do porto transformou o que antes era um ecossistema esgotado em um corredor marinho usado por oito espécies de baleias, incluindo baleias-anãs e a ocasional baleia-sei durante as florações de plâncton na primavera.
As partidas do Pier 36 seguem as rotas de navegação até a Baía Inferior, onde as profundidades excedem sessenta pés e os avistamentos se concentram perto de Rockaway Inlet e do Ambrose Channel. As jubartes saltam para desalojar parasitas, com seus corpos de quarenta toneladas saindo da linha d'água em exibições visíveis a um quarto de milha de distância. O comportamento dos grupos muda com os ciclos das marés: as expedições matinais encontram machos solitários patrulhando em busca de cardumes, enquanto os cruzeiros da tarde observam a alimentação cooperativa com rede de bolhas, na qual de três a cinco baleias cercam os peixes com cortinas de ar exalado.
A biodiversidade marinha da Baía de Nova York vai além das baleias com barbatanas. Os golfinhos-de-laterais-brancas-do-atlântico viajam em grupos de vinte a cinquenta, surfando as ondas da proa ao alcance dos trilhos das embarcações. Focas-comuns descansam nas boias de navegação, e aves marinhas pelágicas, incluindo gannets-do-norte e pardelões, seguem as frotas pesqueiras. Esses avistamentos ocorrem tendo como pano de fundo os terminais de contêineres e o horizonte de Manhattan, uma justaposição que destaca a identidade dupla do porto como um cais de trabalho e um habitat recuperado.
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