Les baleines à bosse sont revenues dans le port de New York en 2011 après une absence de cinquante ans, attirées par les populations de menhaden qui ont rebondi grâce aux protections du Clean Water Act.
Le bord du plateau continental se situe à dix-huit miles au large, là où les courants froids du Labrador rencontrent le Gulf Stream, créant des remontées d'eau riches en nutriments qui soutiennent les baleines à fanons d'avril à décembre. Les rorquals communs, deuxième plus grande espèce sur Terre, apparaissent désormais en vue du pont Verrazzano-Narrows lors des migrations automnales.
Les whale watching nyc tickets permettent d'accéder à des expéditions en haute mer qui suivent les modèles de déplacement des cétacés documentés par le collectif de recherche Gotham Whale depuis 2010. Les naturalistes à bord de ces navires identifient les individus par les marques sur leurs nageoires caudales et les encoches de leurs nageoires dorsales, contribuant aux données d'observation du North Atlantic Humpback Whale Catalog maintenu par Allied Whale au College of the Atlantic. La revitalisation du port a transformé ce qui était autrefois un écosystème épuisé en un corridor marin utilisé par huit espèces de baleines, dont les petits rorquals et parfois le rorqual boréal lors des efflorescences planctoniques printanières.
Les départs du Pier 36 suivent les voies de navigation dans la Lower Bay, où les profondeurs dépassent soixante pieds et où les observations se concentrent près de Rockaway Inlet et de l'Ambrose Channel. Les baleines à bosse sautent pour déloger les parasites, leurs corps de quarante tonnes sortant de l'eau dans des spectacles visibles à un quart de mile de distance. Le comportement des groupes change avec les cycles des marées : les expéditions matinales rencontrent des mâles solitaires patrouillant à la recherche de bancs de poissons, tandis que les croisières de l'après-midi observent une alimentation coopérative par rideaux de bulles, où trois à cinq baleines encerclent les poissons avec des rideaux d'air exhalé.
La biodiversité marine de la New York Bight s'étend au-delà des baleines à fanons. Les dauphins à flancs blancs de l'Atlantique voyagent en groupes de vingt à cinquante, surfant sur les vagues d'étrave à portée de main des bastingages des navires. Les phoques communs se reposent sur les bouées de navigation, et les oiseaux marins pélagiques, dont les fous de Bassan et les puffins majeurs, suivent les flottes de pêche. Ces observations se produisent sur fond de terminaux à conteneurs et de la ligne d'horizon de Manhattan, une juxtaposition qui souligne la double identité du port en tant que front de mer actif et habitat récupéré.
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